1919-ben a kolozsvári Ferencz József Tudományegyetem román fennhatóság alá került, ezért a magyar professzorok többsége Magyarországra menekült. Sajátos módon ez a reményvesztett helyzet tette lehetővé Szeged számára, hogy a város évszázados kívánsága teljesüljön és egyetemnek adhasson otthont. 1921. áprilisában érkezett Szegedre az az orvosi kar elhelyezésének lehetőségeit vizsgáló bizottság, amely a régi rókusi elemi iskolában talált helyet a Leíró és Tájbonctani Intézet, a Szövet- és Fejlődéstani Intézet, a Kórbonctani és Kórszövettani Intézet és a Törvényszéki Orvostani Intézet számára. Ekkor kezdődött a Szegedi Anatómiai Intézet története, élére pedig Davida Leó került, aki felépítette és felszerelte kolozsvári tanszékét, ám életművét hátrahagyva menekülnie kellett a román megszállás elől. Davida professzor 1921. tavaszán, 68 évesen, hihetetlen lelki erővel és hittel hozzálátott a szegedi tanszék kialakításához. Az oktatás elindult, a professzor pedig nyugállományba vonult és a szegedi tanszéket unokaöccsének, Davida Jenő professzornak adta át, aki 1929-ben bekövetkezett tragikusan korai haláláig vezette azt. Davida Jenő utódja dr. Kiss Ferenc professzor lett, akinek „Tájanatómia” és „Rendszeres bonctan” című tankönyveiből orvosgenerációk tanultak, és tanulnak ma is. Kiss Ferenc professzor vezetésének idején kezdődtek Szegeden a neuroanatómiai kutatások. 1935-ben a Bonctani Intézet irányítását Gellért Albert professzor vette át. Gellért professzor 33 éven át vezette a Bonctani, Szövet- és Fejlődéstani Intézetet, ezalatt egyedülálló anatómiai gyűjteményt hozott létre és folytatta a neuroanatómiai kutatásokat, amelyek révén a szegedi intézet már a harmincas években ismertté vált a tudományos világban. Gellért professzor utódja 1968-tól 1993-ig dr. Csillik Bertalan professzor lett, aki neurohisztokémiai módszerekkel bővítette a tudományos kutatások palettáját. Csillik professzor nevéhez fûződik továbbá az új boncterem és szövettani gyakorló terem komplexum létrehozása is. A Bonctani Intézet régi bonctermét ugyanis 1921-ben az iskolaépület tornaterméből alakították ki – és apróbb változtatásokkal ez az átalakított tornaterem szolgált boncterem gyanánt 1990-ig. Csillik professzor kezdeményezésére, bronz dombormű és emléktábla (Tóth Sándor szobrászművész alkotása) őrzi Gellért Albert emlékét az Anatómiai Intézet múzeumának ajtaja mellett. Dr. Csillik Bertalant dr. Liposits Zsolt professzor követte, aki 1998-ig, Budapestre távozásáig vezette a tanszéket, az ő nevéhez kötődik az épület előadótermének korszerűsítésére. Lipositsot dr. Mihály András professzor követte (1998-tól 2017-ig), aki Csillik Bertalan tanítványa és a szegedi neuroanatómiai és neurohisztokémiai iskola aktív folytatója. Az Intézet jelenlegi igazgatója dr. Nógrádi Antal egyetemi tanár.
